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No Brasil, há uma série de empresas que, juntas, vêm viabilizando a produção de soja orgânica e abrindo o mercado externo para os grãos nacionais.
Uma delas é a Cotrimaio, cuja missão é a de viabilizar a manutenção dos agricultores em suas propriedades, agregando valores aos seus produtos e melhorando a qualidade de vida de suas famílias. Para isso, a companhia dá assistência aos produtores, assumindo custos de certificação, recebimento e comercialização. 

Outras empresas têm suas atividades focadas no plantio e na excelência. É o caso da Naturalle, baseada em Jundiaí (SP), que hoje é capaz de suprir grãos segundo a necessidade de seus clientes. Já a paranaense Ecofarma cultiva a sua própria soja orgânica, exportando a leguminosa e seus derivados. A carioca Ecobras, por sua vez, trabalha exclusivamente como produtora de tofu, molho shoyu e pasta de soja.

A soja orgânica produzida no Brasil é certificada por órgãos especiais, como o Ecocert e o IBD, que asseguram sua garantia. Ela é então comercializada por empresas reconhecidas. É esse o papel da Terra Preservada, de Curitiba, que desenvolve também projetos comerciais de produção de leite de soja.