Para ser considerado orgânico, o alimento deve conter um selo de garantia emitido por uma empresa certificadora. Esse selo indica que o produto foi cultivado dentro dos mais rigorosos critérios de controle de qualidade. Um produto certificado permite identificar a região onde foi produzido, quais os produtores envolvidos na produção e saber se foram seguidas as diretrizes internacionais de certificação orgânica. Normalmente, o custo da certificação é pago pelo próprio produtor.
Ao optar pelo sistema orgânico, o produtor deve procurar orientação junto à assistência técnica especializada ou à própria entidade certificadora. Produto certificado é garantia de qualidade para o consumidor e garantia de remuneração diferenciada para o produtor.

A certificação orgânica é baseada em fatores econômicos, ambientais e sociais, de acordo com parâmetros regionalizados. As empresas certificadoras exigem que os produtores cumpram a legislação trabalhista e ofereçam condições dignas de trabalho. Também são considerados o relacionamento com empregados, a preservação do ambiente e o retorno financeiro na comercialização de produtos.

Instituto Biodinâmico: é o principal certificador brasileiro e o único credenciado internacionalmente pela Federação Internacional dos Movimentos de Agricultura Orgânica (Internacional Federation of Organic Agriculture Movements - IFPOAM) e pelo DAP na Alemanha (entidade que credencia as entidades certificadoras que operam com o sistema ISO 65).

Associação de Agricultura Orgânica: Com sede em São Paulo, foi fundada em maio de 1989 por um grupo de engenheiros agrônomos, produtores, jornalistas e pesquisadores que já praticavam a agricultura orgânica. Organiza feira do produtor e está começando a trabalhar com certificação.

Tecnologias:

Características como a coloração do grão e do hilo, o sabor, o aroma, teor de proteína, tamanho do grão, entre outras, fazem das cultivares da Embrapa uma das maiores contribuições da empresa à agricultura orgânica. As cultivares BR 36 e BRS 155 estão entre as mais plantadas e os produtores já começam a experimentar duas novas cultivares: a BRS 213, de sabor suave, e BRS 216, de grãos miúdos.
A Embrapa Soja também estuda o comportamento de vários insetos-pragas para desenvolver alternativas de controle. Uma das mais conhecidas é o controle da lagarta da soja com o baculovírus, um inseticida natural elaborado a partir da própria lagarta. Outra praga cujo controle biológico foi desenvolvido pela Embrapa Soja é o percevejo da soja. Seu inimigo natural, a vespinha trissolcus basalis é muito eficaz nas regiões de microbacias.Outra tecnologia da Embrapa muito usada na produção orgânica é a fixação biológica do nitrogênio, um processo onde o grão é plantado em perfeita integração com o solo. A Embrapa Soja trabalha na identificação e seleção das bactérias mais eficientes para realização desse processo.